A Secretaria de Saúde do Município de Pesqueira é o órgão gestor do Sistema Único de Saúde no Município. Sua missão, é planejar, desenvolver e executar a política sanitária; orientar e controlar as ações que visem ao atendimento integral e equânime das necessidades de saúde da população; exercer as atividades de fiscalização e poder de polícia de vigilância sanitária; e coordenar e acompanhar o processo de municipalização do Sistema Único de Saúde.

A Secretaria Municipal de Saúde é um órgão diretamente subordinado a Prefeitura, e tem como objetivo promover assistência médico-hospitalar, odontológica, de profilaxias, campanhas sanitárias e epidemiológicas de prevenção, bem como instituir o atendimento e acolhimento humanizado ao usuário da rede municipal de saúde.

A SMS é a responsável pela programação, análise, execução e atualização das Políticas Públicas de Saúde estabelecidas pelo Ministério da Saúde, além da articulação e coordenação de projetos e campanhas no âmbito municipal. Dentre suas atribuições está proporcionar suporte técnico e financeiro no desenvolvimento de projetos e capacitação profissional na área municipal de saúde.

A Secretaria trabalha de maneira coordenada e articulada com outras organizações, sejam elas: empresas privadas, autarquias, organizações não-governamentais (ONG´s) e instituições públicas nas esferas Municipal, Estadual e Federal.

As atribuições da SMS se dividem nas seguintes áreas de atuação:

1 - Assistência, que compreende:

a) Atenção Básica
b) Média Complexidade
c) Alta Complexidade

2 - Vigilância em Saúde, que aborda:

a) Vigilância Sanitária
b) Vigilância Epidemiológica
c) Vigilância Ambiental